不動産の売却にかかる税金を徹底解説！計算方法・特例・節税ポイント

この記事の3行まとめ

不動産売却益（譲渡所得）には所得税・住民税・復興特別所得税が課税され、所有期間5年超なら税率は約20.315％、5年以下なら約39.63％と倍近く違う。

マイホームなら「3,000万円特別控除」、10年超所有なら「軽減税率の特例」など複数の特例で大幅に節税できる。

取得費の証明・売却タイミング・特例の併用が節税のカギ。利益が出たら原則として確定申告が必要。

不動産を売却する際、「税金はいくらかかるのか」「節税できる方法はあるのか」と不安に感じる方は少なくありません。マイホームの住み替え、相続した実家の売却、投資用アパートの出口戦略など、売却の場面はさまざまですが、いずれも売却益（譲渡所得）に対して税金が課されるという点は共通しています。

譲渡所得には所得税・住民税・復興特別所得税が課税されますが、計算方法や所有期間による税率の違い、さらに各種の特例や控除制度を正しく理解しておくことで、支払う税金を数百万円単位で減らせるケースもあります。逆に知らないまま売却すると、本来不要な税金を払ってしまうことも珍しくありません。

本記事では、不動産売却にかかる税金の基本から計算方法、使える特例・控除、確定申告の流れ、そして具体的な節税ポイントまでを、最新の税制（2024年度時点）に基づいてわかりやすく解説します。

目次

不動産売却でかかる主な税金とは

所有期間で異なる税率（短期・長期）

税金の計算シミュレーション

売却時に使える控除・特例

確定申告と納税の流れ

非居住者が売却する場合

節税のポイントまとめ

よくある質問（FAQ）

まとめ

不動産売却でかかる主な税金とは

不動産を売却して利益が出た場合、その利益（譲渡所得）に対して課税が行われます。まず押さえておきたいのは、不動産売却にかかる税金には「譲渡所得に課される税金」と「売却手続きに伴う税金」の2種類があるという点です。

税金の種類 | 内容 | 課税のタイミング
所得税 | 譲渡所得に課税（分離課税） | 翌年の確定申告時
住民税 | 譲渡所得に課税 | 翌年度に納付
復興特別所得税 | 所得税額×2.1％ | 2037年まで
印紙税 | 売買契約書に貼付 | 契約締結時
登録免許税 | 抵当権抹消・名義変更 | 決済・引渡し時

譲渡所得とは？計算方法を解説

不動産を売却して利益が出た場合、その利益は「譲渡所得」として課税対象になります。課税対象となる金額は次の式で算出されます。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）− 特別控除
国税庁 No.3202 譲渡所得の計算のしかた(分離課税)

ここで重要になるのが「取得費」と「譲渡費用」です。これらに含められる費用を漏れなく計上することで、課税対象となる譲渡所得を圧縮できます。

区分 | 含まれる主な費用
取得費 | 購入代金、購入時の仲介手数料、登記費用、不動産取得税、印紙税、リフォーム費用、建物の場合は減価償却後の金額
譲渡費用 | 売却時の仲介手数料、印紙税、立ち退き料、建物の解体費、測量費、売却のための広告費

なお、建物部分は経年で価値が減少するため、取得費から減価償却費を差し引いた金額が取得費となります。土地は減価償却の対象外です。この譲渡所得に対して所得税・住民税・復興特別所得税が課税され、給与所得などとは合算せずに別個に課税される「分離課税方式」が採用されます。

取得費が分からない場合の「概算取得費（5％ルール）」

相続した実家や購入時期が古い不動産では、購入時の契約書が見つからず取得費が分からないケースがあります。その場合は「売却価格の5％」を概算取得費として計上できます。ただしこのルールを使うと取得費が大幅に小さくなり、結果として譲渡所得（＝税金）が増えてしまうため、できる限り当時の契約書・領収書を探すことが重要です。

売却価格3,000万円・取得費不明の場合 → 概算取得費は150万円（3,000万円×5％）

取得費を証明できれば実際の購入額（例：2,500万円）を計上でき、課税対象が大幅に縮小

所有期間で異なる税率（短期・長期）

不動産売却で課税される税率は、所有期間によって大きく変わります。税制上、所有期間が「5年以下」と「5年超」で分類され、それぞれ異なる税率が適用されます。同じ売却益でも税額が約2倍変わるため、所有期間の判定は非常に重要です。

区分 | 所有期間 | 所得税 | 復興特別所得税 | 住民税 | 合計税率
短期譲渡所得 | 5年以下 | 30％ | 0.63％ | 9％ | 約39.63％
長期譲渡所得 | 5年超 | 15％ | 0.315％ | 5％ | 約20.315％

短期譲渡所得（5年以下）

所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡所得」となり、合計税率は約39.63％と非常に高くなります。短期間での転売（フリップ）を行う投資家にとっては、この税率の高さが利益を圧迫する大きな要因となります。

注意すべきは、この所有期間が売却した年の「1月1日時点」で判断されるという点です。たとえば2020年5月に購入した不動産を2025年6月に売却した場合、実際の保有期間は5年を超えていますが、税制上は「2025年1月1日時点で4年7か月」とカウントされるため短期譲渡（5年以下）扱いになってしまいます。長期扱いにするには2026年以降の売却が必要です。

長期譲渡所得（5年超）

5年を超えて所有していた不動産を売却する場合、「長期譲渡所得」となり、合計税率は約20.315％まで軽減されます。短期と長期では税率が約2倍違うため、急ぎでない場合は1月1日時点で5年を超えるまで待つだけで大きな節税になります。

例：譲渡所得1,000万円の場合
・短期譲渡：約396万円の税金
・長期譲渡：約203万円の税金
→ 売却時期の調整だけで約193万円の差
国税庁 No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)

税金の計算シミュレーション

実際にどの程度の税金がかかるのか、具体的な数字でイメージできるようシミュレーションを示します。

ケース1：マイホームを売却（長期・3,000万円控除あり）

売却価格：5,000万円

取得費：3,500万円／譲渡費用：200万円

譲渡所得：5,000万円 −（3,500万円＋200万円）＝1,300万円

3,000万円特別控除を適用 → 課税譲渡所得：0円

税額：0円（控除で全額カバー）

ケース2：投資用アパートを売却（長期・特例なし）

売却価格：4,000万円

取得費（減価償却後）：2,500万円／譲渡費用：150万円

譲渡所得：4,000万円 −（2,500万円＋150万円）＝1,350万円

税額：1,350万円 × 20.315％ ＝ 約274万円

投資用不動産には3,000万円控除が原則適用されないため、税負担が大きくなります。投資家の場合は所有期間の調整や買換え特例の活用が節税のポイントになります。

売却時に使える控除・特例

不動産売却時には、特定の条件を満たすことで税負担を大幅に減らせる控除・特例制度があります。代表的なものを一覧表で整理します。

特例・控除 | 主な対象 | 効果
3,000万円特別控除 | マイホーム | 譲渡所得から最大3,000万円控除
軽減税率の特例 | 10年超所有のマイホーム | 税率を約14.21％に軽減
買換え特例 | マイホームの住み替え | 課税の繰り延べ
相続空き家の3,000万円控除 | 相続した空き家 | 譲渡所得から最大3,000万円控除
譲渡損失の損益通算・繰越控除 | 住み替え・住宅ローン残債あり | 給与所得などと相殺・最大4年繰越

3,000万円特別控除

自宅（マイホーム）を売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる、最もよく利用される特例です。所有期間にかかわらず適用可能で、譲渡所得が3,000万円以下であれば税金がゼロになります。主な適用条件は以下のとおりです。

自分が住んでいた家屋・敷地の売却であること

住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の年末までに売却すること

売主と買主が親子・夫婦などの特別な関係でないこと

前年・前々年に同特例や買換え特例を受けていないこと

軽減税率の特例（10年超所有）

10年以上所有していたマイホームを売却する際、譲渡所得6,000万円以下の部分に対して通常より低い税率（約14.21％）が適用されます。3,000万円特別控除と併用可能なため、控除後の課税所得にさらに軽減税率がかかり、二重の節税効果が得られます。

課税譲渡所得 | 税率
6,000万円以下の部分 | 約14.21％（所得税10.21％＋住民税4％）
6,000万円超の部分 | 約20.315％

買換え特例

自宅を売却して新たな住宅を購入（買換え）した場合、一定の条件を満たせば譲渡益への課税を将来に繰り延べることができます。ただしこれは「非課税」ではなく「課税の先送り」である点に注意が必要です。3,000万円特別控除とは併用できないため、どちらが有利かシミュレーションで比較しましょう。

相続不動産・空き家の特例

相続した不動産は、被相続人の取得時期・取得費を引き継ぐため、長期譲渡所得として扱われるケースが多
くなります。さらに、亡くなった方が一人で住んでいた家屋を相続して売却する場合、一定の要件を満たせば「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除」として最大3,000万円が控除できます。空き家の発生を抑制する目的で設けられた特例で、相続開始から3年を経過する日の属する年の年末までに売却するなどの条件があります。

昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること

相続開始直前に被相続人が一人で居住していたこと

耐震リフォームをするか、家屋を取り壊して売却すること

売却代金が1億円以下であること

不動産売却の節税ポイント

特例を正しく使うだけでなく、日頃からの工夫で納める税金を大きく減らすことができます。ここでは実践しやすい節税ポイントを紹介します。

取得費・譲渡費用の証拠を残す

譲渡所得は「売却価格−取得費−譲渡費用」で計算されるため、取得費や譲渡費用を漏れなく計上することが何よりも重要です。購入時の売買契約書、仲介手数料の領収書、リフォーム費用の請求書などは必ず保管しておきましょう。取得費が不明な場合は売却価格の5％（概算取得費）しか認められず、税金が大幅に増えてしまうため注意が必要です。

所有期間5年・10年の節目を意識する

所有期間が5年を超えると税率が約39％から約20％へと大きく下がります。売却を急がない場合は、5年（譲渡した年の1月1日時点で5年超）を超えてから売却するだけで税負担が半減します。さらにマイホームであれば10年超で軽減税率も使えるため、売却のタイミングを見極めることが大切です。

特例の併用・有利不利を比較する

「3,000万円特別控除＋軽減税率」は併用できますが、「買換え特例」とは併用できません。買換えの場合は、いま課税を回避するのか、将来の売却まで先送りするのかで損得が変わります。複数の特例が使えるケースでは、必ずシミュレーションを行い、最も税負担が小さくなる組み合わせを選びましょう。

譲渡損失が出たら損益通算を活用する

マイホームを売却して損失（売却損）が出た場合、その損失を給与所得など他の所得と相殺（損益通算）でき、相殺しきれない分は最大3年間繰り越して翌年以降の所得からも控除できます。住宅ローンが残っている場合などに適用できる特例で、所得税・住民税の還付が受けられる可能性があります。

確定申告の流れと注意点

不動産を売却して譲渡所得が生じた場合や、特例を利用する場合は、売却した翌年の2月16日から3月15日までに確定申告が必要です。特例を適用して税金がゼロになる場合でも、申告をしなければ特例は受けられないため注意しましょう。

売買契約書・取得時の書類・経費の領収書を準備する

譲渡所得の内訳書を作成し、譲渡所得を計算する

適用する特例の必要書類（住民票や登記事項証明書など）を揃える

確定申告書を作成し、税務署へ提出（e-Taxも可）

よくある質問（FAQ）

Q1. 不動産を売却して利益が出なければ税金はかからないのですか？

譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用）がマイナスであれば、所得税・住民税はかかりません。ただし、売買契約書に貼る印紙税や、登記に関わる費用は利益の有無にかかわらず発生します。また、損失が出た場合でも損益通算の特例を使うには確定申告が必要なので、利益が出ていなくても申告しておくと還付を受けられる場合があります。

Q2. 取得費がわからない古い家でも特例は使えますか？

取得費が不明な場合は、売却価格の5％を概算取得費として計上できます。この場合でも3,000万円特別控除などの特例は条件を満たせば利用可能です。ただし概算取得費だと譲渡所得が大きく算出されやすいため、購入時の契約書や通帳の記録など、取得費を証明できる資料がないか改めて探すことをおすすめします。

Q3. 共有名義の不動産を売却した場合、3,000万円控除はどうなりますか？

3,000万円特別控除は「人」ごとに適用されます。たとえば夫婦で2分の1ずつ共有しているマイホームを売却した場合、夫婦それぞれが最大3,000万円ずつ、合計最大6,000万円を控除できます。共有名義をうまく活用すると、節税効果がさらに高まるケースがあります。

Q4. 確定申告を忘れた場合はどうなりますか？

申告期限を過ぎると、本来の税額に加えて無申告加算税や延滞税が課される可能性があります。特例の適用も受けられず、本来ゼロで済んだ税金が高額になることもあります。期限を過ぎてしまった場合でも、できるだけ早く期限後申告を行えばペナルティを軽減できる場合があるため、速やかに税務署や税理士に相談しましょう。

まとめ

不動産の売却には、印紙税・登録免許税・そして利益に応じた所得税・住民税（譲渡所得税）など複数の税金がかかります。なかでも譲渡所得税は金額が大きくなりやすいため、正しい計算方法と特例の理解が節税の鍵となります。

譲渡所得は「売却価格−取得費−譲渡費用」で計算する

所有期間5年・10年が税率の大きな分岐点になる

マイホームなら3,000万円特別控除・軽減税率を活用する

取得費・譲渡費用の証拠書類は必ず保管しておく

特例を使う場合は税金がゼロでも確定申告が必須

税制は改正されることもあり、個々の状況によって最適な選択は異なります。高額な取引だからこそ、事前に税理士や不動産会社などの専門家に相談し、シミュレーションを行ったうえで売却計画を立てることが、賢く資産を守る最善の方法です。本記事を参考に、ご自身のケースに合った節税対策を進めてみてください。