不動産売却の税金はいつ払う？賃貸経営者が知るべき申告と納税の流れ

【この記事の3行まとめ】
①不動産を売って利益が出ても、決済日にその場で税金を払うわけではない。
②売却した年の「翌年2月16日〜3月15日」に確定申告を行い、所得税を納付する。
③住民税は申告のさらに後（6月頃）に請求されるため、売却代金は納税分（譲渡益の約20〜39%）を別管理することが必須。

賃貸物件を売却すると、まとまった資金が一気に手元に入ります。その直後に多くのオーナーが抱く疑問が「不動産売却の税金は、いつ・いくら払うのか？」という点です。結論からお伝えすると、売却代金は決済日に全額入金されますが、税金がその場で差し引かれることは（源泉徴収などの一部例外を除き）ありません。

この「入金」と「納税」の時間差が、賃貸経営者にとって最大の落とし穴です。売却益をそのまま次の物件購入や借入返済に回してしまい、翌年の納税時に「手元にお金が残っていない」という事態が現実に起きています。

本記事では、不動産売却にかかる税金の申告から納税までのスケジュール、税額の計算方法、住民税や国民健康保険料への波及、そして売却前に立てておくべき資金計画までを、具体的な数字と表を交えて体系的に整理します。

目次

不動産売却の税金は「売却時」ではなく「翌年」に動く

確定申告で何を計算するのか（譲渡所得の仕組み）

所得税の支払い時期と具体的な納税の流れ

住民税はいつ・どうやって請求されるのか

賃貸物件売却で使える特例・控除はあるのか

売却益が賃貸経営全体に与える影響とは

売却前に考えておくべき資金計画と納税対策

よくある質問（FAQ）

まとめ

不動産売却の税金は「売却時」ではなく「翌年」に動く

不動産を売却して利益が出た場合、その利益は「譲渡所得」として課税対象になります。この譲渡所得は、給与所得や事業所得とは分けて計算される「分離課税」という仕組みが採用されています。重要なのは、売却した日（決済日）に税金を支払うわけではないという点です。

たとえば2026年中に物件を売却した場合、その利益は「2026年分の所得」として扱われ、翌年2027年の確定申告で申告・納税します。確定申告の期間は原則として、毎年2月16日〜3月15日です。

「譲渡日」はいつを指すのか

譲渡日（売却日）の判定には2つの考え方があり、納税者が選択できます。

引き渡し日基準：物件を実際に買主へ引き渡した日（一般的にはこちらを使用）

契約効力発生日基準：売買契約を締結した日

たとえば、2026年12月に契約し、2027年1月に引き渡した場合、どちらを選ぶかで申告年度が1年ずれます。年末年始をまたぐ取引では、保有期間が5年を超えるか（後述）にも影響するため注意が必要です。

売却から納税までには数か月の間があります。この期間は自由に使える資金が増えたように見えますが、実際には「将来の納税資金を預かっている状態」と考えるのが安全です。

確定申告で何を計算するのか（譲渡所得の仕組み）

確定申告では、売却価格全体ではなく、売却によって生じた「利益（譲渡所得）」に対して課税されます。譲渡所得の計算式は次のとおりです。

譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費 ＋ 譲渡費用）− 特別控除

取得費：購入価格＋購入時の諸費用（仲介手数料・登記費用・不動産取得税など）。ただし建物部分は減価償却費を差し引く

譲渡費用：売却時の仲介手数料、印紙税、測量費、解体費、立退料など

保有期間で税率が大きく変わる（長期・短期）

譲渡所得にかかる税率は、その不動産を売った年の1月1日時点で、保有期間が5年を超えているかどうかで決まります。これが税負担を大きく左右します。

区分 | 保有期間（売却年1/1時点） | 所得税 | 住民税 | 合計税率
短期譲渡所得 | 5年以下 | 30.63% | 9% | 約39.63%
長期譲渡所得 | 5年超 | 15.315% | 5% | 約20.315%

※所得税には復興特別所得税（2.1%）を含む。保有期間は「取得日の翌日から売却年の1月1日まで」で判定。

同じ500万円の利益でも、短期なら約198万円、長期なら約101万円と、税額が約2倍違う計算になります。保有期間が5年に近い物件は、わずかな売却タイミングのずれで税負担が大きく変わるため要注意です。

減価償却で「儲かっていなくても利益が出る」現象

賃貸経営者が最も誤解しやすいのが減価償却の影響です。建物部分は毎年「減価償却費」として経費計上されており、その分だけ帳簿上の取得費が年々減少していきます。

たとえば3,000万円で購入した物件（建物2,000万円）を、20年保有して償却が1,200万円進んだ場合、取得費は実質1,800万円まで下がっています。これを2,800万円で「購入時より安く」売っても、計算上は1,000万円の譲渡益が出てしまうのです。「売値＜買値だから税金はかからない」という思い込みは危険です。

所得税の支払い時期と具体的な納税の流れ

確定申告で税額が確定したら、原則として申告期限（3月15日）までに所得税を納付します。具体例で全体像を整理しましょう。

【ケース】2026年10月に賃貸物件（長期保有）を売却し、最終的な譲渡所得が500万円だった場合。

所得税：500万円 × 15.315% ＝ 約76.6万円（2027年3月に納付）

住民税：500万円 × 5% ＝ 約25万円（2027年6月以降に納付）

合計：約101.6万円

売却から納税までのタイムライン

時期 | イベント | 資金の動き
2026年10月 | 売却・決済（入金） | 売却代金が入金
2027年2月16日〜3月15日 | 確定申告 | 税額が確定
2027年3月15日まで | 所得税の納付 | 約76.6万円の支出
2027年6月頃 | 住民税の納税通知書が届く | 約25万円の支出開始

売却から最初の納税まで約5か月、住民税の支払い完了まで含めると約1年もの時間差が生じます。仮に売却代金が3,000万円入金されても、そのうち約100万円は「将来支払う税金」です。全額を再投資や返済に回すと、翌年に資金ショートを起こします。

納税が苦しいときの選択肢（延納・振替納税）

延納：申告期限までに半分以上を納付すれば、残りを5月末まで延長可能（利子税が発生）

振替納税：口座引き落としにすると、納付日が4月中旬頃へ後ろ倒しになる

クレジットカード・スマホアプリ納付も利用可能（手数料あり）

住民税はいつ・どうやって請求されるのか

所得税の納付が終わっても、それで完了ではありません。確定申告の内容をもとに市区町村が住民税を計算し、通常は6月頃に納税通知書が届きます。そこから支払いが始まります。

住民税の納付方法は2つあります。

普通徴収：6月・8月・10月・翌1月の年4回に分けて自分で納付

特別徴収：給与所得者の場合、毎月の給与から天引き（譲渡分は手取りに大きく影響）

売却から半年以上たってから請求が来るため、最も忘れやすい税金です。所得税を払い終えて安心していると、住民税の通知書を見て二度目の負担に驚くことになります。売却益が大きいほど住民税額も跳ね上がるため、所得税と住民税は必ずセットで資金確保しておきましょう。

賃貸物件売却で使える特例・控除はあるのか

マイホーム（居住用財産）の売却には3,000万円特別控除など強力な特例がありますが、収益物件（賃貸用）には原則として適用されません。ただし、賃貸経営者でも使える可能性がある制度を整理しておきます。

制度 | 賃貸物件への適用 | 概要
3,000万円特別控除 | 原則不可 | マイホーム専用（賃貸併用の自宅部分は対象になる場合あり）
事業用資産の買換え特例 | 条件付きで可 | 一定要件下で課税の繰り延べが可能。税金が消えるわけではない
取得費加算の特例 | 相続物件で可 | 相続税を支払った物件を3年10か月以内に売却した場合、相続税の一部を取得費に加算できる
譲渡損失の損益通算 | 原則不可（分離課税） | 賃貸物件の譲渡損は給与所得等と通算できないのが原則

特例の適用要件は複雑で、判断を誤ると後から多額の税金を追徴されるリスクがあります。譲渡益が大きい場合は、売却前に不動産に強い税理士へ相談することを強くおすすめします。

売却益が賃貸経営全体に与える影響とは

譲渡所得は家賃収入（不動産所得）とは分離して計算されますが、所得全体が増えることで、税金以外の負担にも波及します。

国民健康保険料・後期高齢者医療保険料の上昇：所得連動のため、売却益が大きい年は保険料が大幅に増える可能性がある

医療費の窓口負担割合の変動：高齢の場合、所得増で2割・3割負担に上がることがある

各種行政サービスの所得制限：保育料や扶養判定などに影響する場合がある

また、売却と同時に次の物件を購入する「住み替え・買い替え」を行う場合でも、納税時期とのずれを必ず考慮する必要があります。「売却益＝自由資金」ではなく、資金繰りの視点で全体設計をすることが、賃貸経営の出口戦略では欠かせません。

売却前に考えておくべき資金計画と納税対策

不動産売却で重要なのは、価格交渉だけではありません。納税まで含めた資金計画こそが本質です。以下のステップで準備を進めましょう。

取得費を正確に把握する：購入時の売買契約書・領収書を集め、減価償却後の帳簿価額を確認する

概算譲渡所得を計算する：売却見込み価格 −（取得費＋譲渡費用）で利益を試算

保有期間を確認し税率を当てはめる：長期20.315% or 短期39.63%

納税資金を別口座で確保する：譲渡益の最低2割（短期なら4割）を「使わないお金」として隔離

特例の適用可否を専門家に確認する：軽減税率や買い替え特例など、自分のケースで使える制度を税理士に相談する

特に賃貸経営者の場合、減価償却を進めてきた物件は帳簿価額が大きく下がっているため、思った以上に譲渡益が膨らむケースが少なくありません。「売却価格はローン残債と同じくらいだから利益は出ていない」と考えていても、税務上は多額の譲渡所得が発生していることがあるため注意が必要です。

納税資金は「翌年3月15日まで」を見据えて確保する

譲渡所得税は、売却した翌年の確定申告（原則2月16日〜3月15日）で申告・納税します。つまり、売却して現金を受け取ってから納税までに最長1年以上の期間が空くことになります。この間に売却代金を物件購入や事業資金、生活費などに使い切ってしまうと、いざ納税のタイミングで資金が足りなくなる「納税破綻」に陥りかねません。

対策としては、売却代金が入金された直後に、概算税額を専用口座へ移しておくことが最も確実です。長期譲渡なら譲渡益の約2割、短期譲渡なら約4割を目安に確保しておけば、納税時に慌てることはありません。さらに、住民税は確定申告の翌年6月以降に課税されるため、その分も含めて余裕を持った資金管理を心がけましょう。

売却タイミングと税率の関係を意識する

所有期間が5年を境に税率が大きく変わる点も、資金計画における重要なポイントです。所有期間は「売却した年の1月1日時点」で判定されるため、購入から実際に5年を超えていても、年の数え方によっては短期譲渡と扱われることがあります。わずか数か月の違いで税率が約2倍になるケースもあるため、売却を急がず、所有期間の判定日を確認してから決断することが節税につながります。

よくある質問（FAQ）

Q1. 不動産を売却した年に確定申告は必ず必要ですか？

譲渡益（利益）が出た場合は、原則として確定申告が必要です。逆に売却で損失が出た場合は申告義務はありませんが、給与所得や事業所得と損益通算できる特例（マイホームの買い替え等）を使う場合は、申告することで税金が戻る可能性があります。賃貸用物件は損益通算の対象外となるケースが多いため、自分のケースで申告が必要かどうかは税理士に確認することをおすすめします。

Q2. 税金を一括で払えない場合はどうすればよいですか？

納期限までに一括納付が難しい場合は、税務署に申請することで「延納」制度を利用できる場合があります。ただし延納期間中は利子税が発生するため、本来は売却代金から納税分を確保しておくのが理想です。どうしても資金が足りない場合は、早めに所轄の税務署へ相談しましょう。無断で滞納すると延滞税が課され、最悪の場合は財産の差し押さえに発展します。

Q3. 取得費がわからない古い物件はどう計算しますか？

購入時の契約書や領収書が見つからず取得費が不明な場合は、「概算取得費」として売却価格の5%を取得費とみなして計算できます。ただしこの方法では取得費が極端に小さくなり、譲渡益が大きく算出されて税負担が増えてしまいます。可能な限り、購入時の通帳記録・住宅ローンの金銭消費貸借契約書・不動産会社の資料などを探し、実際の取得費を証明することが節税のカギになります。

Q4. 賃貸物件を売却すると消費税はかかりますか？

個人が所有する賃貸用建物を売却する場合、その個人が課税事業者（年間課税売上1,000万円超など）に該当すると、建物部分の売却に消費税が課されることがあります。土地の譲渡は非課税ですが、建物は課税対象です。賃貸経営の規模によっては消費税の納税義務が発生するため、売却前に税理士へ確認しておくと安心です。

まとめ

不動産売却にかかる税金は、売却した瞬間に支払うものではなく、売却した翌年の確定申告（2月16日〜3月15日）で申告・納税するのが基本的な流れです。住民税はさらにその後、6月以降に課税されるため、納税のタイミングは売却から1年以上先になることを理解しておく必要があります。

特に賃貸経営者の場合、減価償却によって帳簿価額が下がっているため、想定以上に譲渡益が大きくなりやすい点に注意が必要です。さらに、譲渡益が増えることで国民健康保険料や医療費の窓口負担割合など、税金以外の負担も連動して上昇する可能性があります。

納税は「売却の翌年」と心得て、入金時に納税資金を別口座へ隔離する

所有期間5年超で長期譲渡（20.315%）、5年以下で短期譲渡（39.63%）と税率が大きく異なる

取得費の証明資料を集め、概算取得費（5%）に頼らないことが節税につながる

保険料や医療費負担など、税金以外への波及も含めて全体設計する

賃貸経営の出口戦略は、売却価格を最大化するだけでなく、納税まで含めた資金計画を立てることで初めて成功します。複雑な計算や特例の判断に不安がある場合は、早めに税理士などの専門家へ相談し、無理のない売却・納税スケジュールを組み立てましょう。計画的な準備こそが、安心して次のステップへ進むための最大の武器になります。